NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (18)

급성 림프모구성 백혈병 Acute lymphoblastic leukemia, ALL

급성 림프모구성 백혈병(Acute lymphoblastic leukemia, ALL)은 B-세포 타입과 T-세포 타입으로 나뉘며 B-림프모구성 백혈병(B-lymphoblastic leukemia, BLL)에서는 점 돌연변이 이외에 유전자 복제수 이상이 흔하게 일어나므로 NGS 검사를 할 경우 유전자복제수 분석을 시행하는 것이 좋다. 점 돌연변이나 복제수 변화가 자주 관찰되는 유전자로 IKZF1, PAX5, EBF1, CDKN2A, CDKN2B, RB1, ETV6, ERG, CREBBP 유전자 등이 있으며 TP53 유전자 등은 좋지 않은 예후와 연관된 것으로 알려져 있다. T-림프모구성 백혈병(T lymphoblastic leukemia, TLL)에서도 NOTCH1, FBXW7, MYB, IL7R, JAK1, JAK3, STAT5B, NRAS, KRAS, PTEN, CNOT3, RPL5, RPL10 등 다양한 유전자의 돌연변이가 보고되고 있다.

다양한 유전자 재조합이 B- 및 T-림프모구성 백혈병에서 발견되고 있으며 이들 역시 DNA NGS 검사로는 검출이 어렵고 RNA를 이용한 검사가 필요하다. 특히 B-림프모구성 백혈병에서는 Philadelphia-like ALL 이라는 질환군이 새롭게 규정되었으며 여기에는 키나제(kinase)와 관련된 여러 유전자의 재조합이 포함되어 있다. 이러한 유전자 재조합은 원인 유전자의 수가 많아 통상적인 reverse trancrtiption(RT)-PCR 검사법으로는 검출이 어렵기 때문에 RNA를 이용한 NGS 검사가 필요하다.

 

골수 이형성 증후군 Myelodysplastic syndrome 및 골수 증식 증후군 Myeloproliferative neoplasm

골수 이형성 증후군에서는 80~90%의 환자에서 체세포 돌연변이가 발견되며 SF3B1, SRSF2, U2AF1, ZRSR2, TET2, DNMT3A, IDH1, IDH2, ASXL1, EZH2, RUNX1, NRAS, BCOR, CBL, TP53, STAG2 등 다양한 유전자에서 돌연변이가 관찰되며 일부 유전자는 진단 분류에 이용된다. 예를 들어 SF3B1 돌연변이는 링 모양의 철 축적 적혈구모세포(ring sideroblasts)와 관련이 있고 돌연변이가 발견될 경우 질환 분류에 참고하여야 한다[23]. 골수 증식 증후군에서도 JAK2, MPL 등의 유전자 돌연변이와 함께 골수 이형성 증후군과 비슷한 돌연변이가 관찰되기도 한다. 두 질환 모두 급성 골수성 백혈병과 마찬가지로 선천성 돌연변이와 관련하여 질환의 발생 위험도가 올라가는 것으로 알려져 있으며, 이러한 유전자가 다양하기 때문에 NGS 패널 검사로 돌연변이를 확인하는 것이 중요하다.

 

림프종 Lymphoma

림프종의 종류에 따라서 호발하는 유전적 변이가 매우 다양하며 이들 변이와 연관하여 치료반응 및 예후 예측 연구가 많이 진행되지 않은 경우도 있다. 그러나 일부 질환군(예. diffuse large B-cell lymphoma)에서는 유전적 아형(subtype)의 분류를 비롯하여 종양의 특성, 치료반응 및 예후와 관련된 유전적 변이들이 밝혀지고 있으며, 표적치료제(targeted drug)의 감수성 및 저항성을 예측하는 근거가 되기도 한다. 각각 림프종의 유전적 양상에 대한 연구가 계속되고 보고가 누적되면서 중요성을 가지는 유전자 변이 역시 증가하고 있으며 NGS 검사의 유용성도 따라서 증가하고 있다.