[분자생물학] NGS22 NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (12) 2. 데이터의 질 관리 지표, QC parameters 데이터의 질 관리 지표는 매 검사마다 확인해야 하며 각 염기의 품질점수, 시퀀싱 양(output), 시퀀싱 깊이(depth of coverage), Ti/Tv 비율 등 다양한 파라미터를 활용할 수 있다. Depth of coverage 시퀀싱 깊이(Depth of coverage)는 특정한 위치에 시퀀싱 리드가 몇 개가 분석되었는지에 대한 지표로서 흔히 “×” 기호로 표시한다. 예를 들어 특정 위치를 포함하는 시퀀싱 리드가 10개이면 시퀀싱 깊이는 “10×”로 표현한다. 확률적으로 시퀀싱 오류(error)를 배제하고 정확한 유전형을 알기 위해서는 충분한 수의 시퀀싱 리드가 필요하며 일반적으로 생식세포(germ-line) 변이를 이형접합자(hetero.. 2022. 8. 10. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (11) | 4 | NGS 검사 전 검증validation NGS 검사를 실시하기 전 검증(validation) 혹은 확인(verification)이 필요하며 검사 도입 후에도 지속적인 검증이 필요하다. 1) 성능평가 미국 Clinical Laboratory Improvement Amendments(CLIA) 권고사항에 따르면, NGS 분석적 성능 평가는 정확도(accuracy), 정밀도(precision), 분석적 민감도(analytical sensitivity), 분석적 특이도(analytical specificity), 보고가능 범위(reportable range), 참고 범위(reference interval, normal value), 검출한계(limit of detection) 등을 포함한다. 가. 정.. 2022. 8. 10. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (10) 3) ASCO/AMP 가이드라인 종양에서 NGS가 임상 검사로 광범위하게 도입되면서 검사실 간의 분자 결과 해석 및 보고 표준화의 중요성이 대두되었다. 체세포성 염기서열 변이에 대한 표준화된 분류, 주석, 해석 및 보고 규약을 확립하기 위해 미국 분자병리학회(Association for Molecular Pathology, AMP), 미국 임상종양학회(American Society of Clinical Oncology, ASCO), 미국 병리학회(College of American Pathologists, CAP)을 포함한 여러 그룹이 모여 변이의 임상적 의미에 따라 분류하는 4단계(tier)의 보고 시스템을 만들었다. 가. 변이의 분류 및 보고 체세포 돌연변이는 종양의 진단과 예후 그리고 치료에 관련된.. 2022. 8. 10. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (9) | 1 | 생식세포 돌연변이Germ-line mutation 1) 생식세포 변이 해석 가이드라인 NGS의 발전으로 인해 유전 질환과 관련된 유전자의 새로운 변이의 발견이 급격히 증가함에 따라 환자의 표현형(phenotype)과 유전형(genotype)의 연관성을 해석하는 기준에 대한 표준화의 필요성이 높아졌다. 이에 미국의학유전학회(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)와 분자병리학회(Association for Molecular Pathology, AMP)에서 염기서열검사에서 발견된 변이의 해석을 위한 기준 및 가이드라인을 2015년에 발간한 바 있으며, 현재 이 가이드라인은 생식세포변이 분석에 표준으로 널리 사용되고 있다. 2) 변이의 분.. 2022. 8. 10. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (8) | 7 | 유전체 데이터베이스 database 및 주석 annotation NGS 변이가 검출되면 이 변이가 어떤 유전자의 어느 위치에 있는지, 데이터베이스에 등재되어 있는 변이 인지 등을 확인하여야 한다. 시퀀싱을 통하여 발굴하게 되는 변이의 수는 대략 수천 개에서 수백만 개에 이를 정도로 매우 많으므로 사람이 일일이 분석하기는 어렵고 각 변이마다 데이터베이스를 찾아주는 작업을 컴퓨터 알고리즘으로 자동화하는 것이 필요하며 이것을 주석(annotation)이라 부른다. 1) 정상인 데이터베이스 - Population database 질환과 관련이 없고 정상인에서도 발견될 수 있는 유전자 변이를 다형성(polymorphism)이라 부른다. NGS 검사를 하면 표준 염기서열과 다른 많은 수의 변이가 발견이 .. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (7) | 4 | 유전자 복제수Copy number variation, CNV 및 구조적 변화structural variation 검출 1) 유전자 복제수 및 구조적 변화 인간의 세포는 보통 부모로부터 받은 2개의 유전자를 가지고 있으므로 대부분의 유전자 복제수(gene copy)는 2이다. 일부 유전자에서는 이러한 복제 수가 늘어나거나(중복, duplication) 줄어들(결손, deletion) 수 있으며 이것을 유전자 복제수 변화(copy number variation, CNV)라 부른다. 유전자 복제수 변화는 정상인들에서도 있을 수 있으며 이 경우 세포의 기능에 영향을 미치지 않는 경우(benign)가 대부분이며 이것을 유전자 복제수 다형성(CNV polymporphism)이라고 한다. 반면 유전자 복제.. 2022. 8. 9. 이전 1 2 3 4 다음
