[분자생물학] NGS22 NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 입문용 (5) 8) RNA 시퀀싱 - RNA-sequencing, RNA-Seq RNA 가닥을 NGS에 적합한 라이브러리를 만들어 시퀀싱을 하는 것을 RNA 시퀀싱(RNA sequencing, RNA-Seq)이라 부른다. RNA 시퀀싱으로 단백질을 합성하는 메신저 RNA(messenger RNA, mRNA)의 발현(expression)과 일부 돌연변이를 확인할 수 있으며, 이외에 단백질을 합성하지 않는 논코딩(non-coding) RNA도 검사가 가능하다. 논코딩 RNA 중 마이크로 RNA(micro RNA, miRNA)와 같이 20 bp 내외의 작은 크기의 RNA도 NGS로 효과적으로 검사가 가능하며 이것을 small RNA-Seq이라 부른다. 또한 NGS를 이용한 전사체 RNA 분석을 하면 융합유전자(fusion .. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 입문용 (4) 3) 단일염기다형성SNP 검출 단일염기다형성(Single nucleotide polymorphisms, SNP)이란 정상인에서 관찰될 수 있는, 대개는 단백질의 기능이나 건강에 큰 영향을 미치지 않는 염기 한두 개 정도의 변화로서 유전체 전 범위에 분포하며 평균적으로 1,000개 염기(base-pair)마다 하나씩 존재한다. 몇몇 SNP 들은 특정 약물의 대사와 연관이 있기도 하고 특정 질환의 위험도를 예측하는데 연관분석(association study)을 통해 질환의 발생과 통계적 연관성이 확인되어 심혈관 질환, 당뇨병, 암과 같은 복잡한 질환의 기전을 연구하는데 도움이 되기도 한다. 또한 SNP도 개인식별에 이용될 수 있으며 50개 정도 이상의 SNP를 이용하면 대부분의 사람을 구분할 수 있게 되며 .. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 입문용 (3) 5. NGS 결과 해석 및 보고 NGS에서 발견된 수많은 변이 중에서 환자의 질환과 연관이 있는 변이를 찾아내고 이를 최종적으로 해석하여 보고하는 것은 NGS 검사에서 가장 중요한 단계이지만 여러 의학적 근거와 환자의 임상양상을 토대로 판단해야 하기 때문에 가장 어려운 단계이기도 하다. 정확하고 객관적인 보고를 위해 이에 미국의학유전학회(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)에서는 선천성 생식세포(germ-line) 돌연변이 해석 기준을 제시하였다. 여기에서는 여러 가지 근거를 참고로 하여 5단계로 분류하여 보고하도록 하고 있다. 암 체세포 돌연변이는 미국 분자병리학회(Association for Molecular Pathology, AMP).. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 데이터 분석을 위한 기초 용어 4. NGS 분석 알고리즘 1) NGS 데이터 정도관리 - quality control, QC NGS는 기술적 한계와 실험적 원인에 의한 다양한 오류(error)의 가능성이 있다. NGS 염기서열분석 결과에서는 추정 오류 확률을 수치로 나타내며 Phred 점수가 각 염기의 품질을 나타내는 지표로 활용되며 일반적으로 Q30 이상의 Phred 점수를 보이는 염기는 시퀀싱 품질이 우수하다고 판단하여 분석에 활용된다. 각 시퀀싱 리드(read)의 염기서열과 Phred 점수를 같이 표시한 것을 FASTQ 파일이라 부른다. 2) 매핑 - Mapping FASTQ 파일의 시퀀싱 리드(read)가 어떤 염색체에 어느 위치에 있는 DNA 인지에 대한 정보를 표준 유전체(reference genome)에서 위치를 찾아주는.. 2022. 8. 9. 이전 1 2 3 4 다음
