전체 글25 NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (9) | 1 | 생식세포 돌연변이Germ-line mutation 1) 생식세포 변이 해석 가이드라인 NGS의 발전으로 인해 유전 질환과 관련된 유전자의 새로운 변이의 발견이 급격히 증가함에 따라 환자의 표현형(phenotype)과 유전형(genotype)의 연관성을 해석하는 기준에 대한 표준화의 필요성이 높아졌다. 이에 미국의학유전학회(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)와 분자병리학회(Association for Molecular Pathology, AMP)에서 염기서열검사에서 발견된 변이의 해석을 위한 기준 및 가이드라인을 2015년에 발간한 바 있으며, 현재 이 가이드라인은 생식세포변이 분석에 표준으로 널리 사용되고 있다. 2) 변이의 분.. 2022. 8. 10. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (8) | 7 | 유전체 데이터베이스 database 및 주석 annotation NGS 변이가 검출되면 이 변이가 어떤 유전자의 어느 위치에 있는지, 데이터베이스에 등재되어 있는 변이 인지 등을 확인하여야 한다. 시퀀싱을 통하여 발굴하게 되는 변이의 수는 대략 수천 개에서 수백만 개에 이를 정도로 매우 많으므로 사람이 일일이 분석하기는 어렵고 각 변이마다 데이터베이스를 찾아주는 작업을 컴퓨터 알고리즘으로 자동화하는 것이 필요하며 이것을 주석(annotation)이라 부른다. 1) 정상인 데이터베이스 - Population database 질환과 관련이 없고 정상인에서도 발견될 수 있는 유전자 변이를 다형성(polymorphism)이라 부른다. NGS 검사를 하면 표준 염기서열과 다른 많은 수의 변이가 발견이 .. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (7) | 4 | 유전자 복제수Copy number variation, CNV 및 구조적 변화structural variation 검출 1) 유전자 복제수 및 구조적 변화 인간의 세포는 보통 부모로부터 받은 2개의 유전자를 가지고 있으므로 대부분의 유전자 복제수(gene copy)는 2이다. 일부 유전자에서는 이러한 복제 수가 늘어나거나(중복, duplication) 줄어들(결손, deletion) 수 있으며 이것을 유전자 복제수 변화(copy number variation, CNV)라 부른다. 유전자 복제수 변화는 정상인들에서도 있을 수 있으며 이 경우 세포의 기능에 영향을 미치지 않는 경우(benign)가 대부분이며 이것을 유전자 복제수 다형성(CNV polymporphism)이라고 한다. 반면 유전자 복제.. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (6) | 3 | 변이 검출 - Variant calling SAM/BAM 파일이 생성되면 각 시퀀싱 리드를 분석하여 특정 위치에서 표준 유전체 서열과 다른 변이(variation)가 있는지 찾아내는 작업을 한다. 이것을 변이 검출(variant calling)이라 부른다. 이것은 한 위치에 여러 개의 시퀀싱 리드를 종합하여 변이가 있는지 확률적으로 판단하게 된다. 각 시퀀싱 리드에는 NGS 장비에서 분석할 때 발생할 수 있는 에러, 매핑 과정에서 발생할 수 있는 오류 등이 혼재되어 있기 때문에 이러한 것들을 배제하고 진양성(true positive) 변이를 걸러낼 수 있는 통계적 알고리즘들이 사용된다. 여기에 이용되는 프로그램의 종류, 프로그램에서 설정한 파라미터, 데이터 전처리, 결과 필터링(filterin.. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (5) 2) NGS 데이터 정도관리를 위한 프로그램 가. FastQC (http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) FastQC 프로그램은 NGS 결과 생성된 FASTQ, SAM 또는 BAM 파일을 입력하여 시퀀싱 품질을 평가하는 기능을 제공하는 소프트웨어로 여러 품질 지표를 그래프로 보여준다. 주요 활용되는 지표로 per base sequence quality, per tile sequence quality, per sequence quality scores, per base sequence content 등이 있다.(http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/3%20Analysis.. 2022. 8. 9. NGS(Next Generation Sequencing) 기반 유전자 검사의 이해 - 심화용 (4) 가. 전장 유전체 시퀀싱 - Whole genome sequencing, WGS 전장 유전체 시퀀싱은 유전체 전체를 분석하는 방법으로서 타겟 선별 단계가 필요 없으나 인트론(intron)을 포함한 광범위한 영역을 분석하므로 시퀀싱 비용은 크게 증가하며 상대적으로 각 영역별 시퀀싱 깊이(depth)는 낮아지기 때문에 분석정확도가 낮아진다. 대신 인트론과 비번역 부위(untranslated region)을 분석할 수 있기 때문에 구조적(structural) 변이나 유전자 발현 조절과 관련된(regulatory) 변이를 검출할 수 있는 장점이 있다. 나. 엑솜 시퀀싱 - Whole exome sequencing, WES 인간의 유전자는 약 22,000개 이상이 존재하며 엑손(exon) 부위는 단백질을 직접 코.. 2022. 8. 9. 이전 1 2 3 4 5 다음
